Con total justicia, Cienciano fue elegido como el mejor equipo peruano de la década. Los títulos que consiguió en la Copa Sudamericana 2003 y en la Recopa 2004 nos hicieron creer que SÍ SE PUEDE competir (y celebrar) a nivel internacional. Sin embargo, el 'Papá' tiene una gran deuda en nuestro país: nunca pudo consagrarse como el mejor del torneo local. Tres veces el equipo cusqueño disputó la final (2001, 2005 y 2006), aunque siempre se fue derrotado. Alianza Lima fue su verdugo dos veces, siendo la última hace exactamente cuatro años, el 27 de diciembre de 2006.
2007 fue un año atípico para Universitario. Los cremas iniciaron la temporada con una inestabilidad dirigencial -Gino Pinasco reemplazó a Alfredo Gonzáles- que se tradujo en un caos deportivo. Así, Jorge Amado Nunes fue destituido de la dirección técnica y regresó al cargo 53 días después de su separación, reemplazando a Edgar Ospina. Su retorno se dio el 8 de abril, ante Cienciano en el Cusco. Y a pesar de lo dificil que fue ese encuentro, pudo celebrar. Todo gracias a su delantero estrella, el 'Gavilán' Johan Fano.
Si hay un rival que le viene bien a Cienciano es Boca Juniors. Los imperiales
le ganaron la final de la Recopa Sudamericana a los xeneizes en 2004 y, además, lo golearon en la Copa Libertadores de 2007. Fue el 4 de abril, en el Cusco. Si bien el equipo rojo no pudo clasificar a los octavos de final del campeonato, nada ni nadie le quitará lo bailado. Fue una tremenda exhibición del 'Papá', que volvió a tener de hijo a uno de los clubes más grandes de Sudamérica.
Si hay un partido que nunca se olvidará Juan Diego Gonzáles Vigil fue el que jugó el 1 de abril de 2005. Ese día, Alianza Lima recibió a Cienciano y el 'Lobo' rugió como nunca: hizo cuatro 'pepas' y fue ídolo por un día del equipo blanquiazul. Pero no fue el único. Pedro Kohji Aparicio también se salió del cuadro y marcó dos tantos. ¿Su víctima? Nada menos que Óscar Ibáñez.
Si hay un momento en que una 'marea roja' invadió el Perú ese fue el 19 de diciembre de 2003. Cienciano del Cusco se convirtió en el orgullo nacional al darle al país su primer título internacional. Lo hizo con honores, superando en la final nada menos que al todopoderoso River Plate de Argentina. En la ida, en Buenos Aires, el 'Papá' dio el primer paso al rescatar un empate 3 a 3. Ahora todo dependía del equipo de Freddy Ternero, que debía ganar como 'local' en Arequipa para consagrarse como el mejor. Así pasó.
En diciembre de 2003 todo el Perú vibró con el título de Cienciano en la Copa Sudamericana al vencer a River Plate en la final. Pero algunos meses después, el 7 de setiembre de 2004, sería Boca Juniors, campeón de la Copa Libertadores, quien enfrentaría al cuadro cusqueño, ahora por la Recopa Sudamericana. A pesar de los éxitos del equipo xeneize, la oncena de Freddy Ternero jugó sin complejos y pudo obtener el segundo título internacional de su historia.
